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1.生物质能的战略地位尚未确定
生物质能利用有机废弃物生产可再生的清洁能源，能够同时实现供应清洁能源、治理环境污染和应对气候变化，是实现碳中和目标的有效措施之一。生物质能有利于生态文明建设、美丽乡村建设和乡村振兴，能够增加创造就业岗位，提高农村居民收入，具有良好的社会效益和环境效益。但是目前，生物质能的战略地位还未确定，各方重视程度不够，影响了行业发展。
2.生物质非电领域应用优先准入保障不足
《可再生能源法》对生物质热力、生物燃气、生物柴油等非电领域的保障未能充分体现，生物质能的优先开发利用没有得到应有重视，受特许经营限制，生物质热力、生物燃气、生物柴油等生物质能非电领域产品难以公平进入相应市场，甚至受到品质、价格歧视。《可再生能源法》未出台相关细则，开放准入市场、保障生物质能产品的优先应用。对于违法情况，缺乏有效监管和处罚措施。
3.生物质非电领域应用经济激励措施不足
目前，对于生物质能的经济激励政策主要集中在发电领域，在生物质热力、生物燃气、生物柴油、生物炼制产品等非电领域还没有明确的激励政策支持。生物质能区别于其他可再生能源的特性就在于产品多样，可广泛应用于供热、供气、交通燃料等各个能源领域。生物质能作为可再生能源、战略新兴产业，在经济性上很难与传统化石能源竞争，但生物质能在环保效益和社会效益方面，特别是减少温室气体排放、大气环境治理方面优势明显，缺乏相应经济激励措施，限制了产业价值的体现。
4.生物质能产业标准和监管体系薄弱
生物质能各领域仍缺乏权威标准引导行业规范化发展。尽管生物质能各领域的标准体系框架基本形成，但在标准实施和监管方面存在较大难度。现有标准多数为非强制标准，仅作为行业指导参考的推荐标准。生物质能产品类别多样，除国家级标准外，不同地区的不同产品也有各自规定和标准，标准体系缺乏规范，使标准执行难度加大。在监管方面，行业信息数据缺乏有效统计，未形成有效的监管标准体系，在融入化石能源体系过程中，受到标准和监管制约影响较大。
5.生物质资源保障和产业数据统计体系有待完善
我国虽然开展了一些生物质资源调查的相关工作，但未形成定期开展生物质资源调查与评价的机制，尤其是对能够能源化利用的生物质资源缺乏详细的统计数据，没有明确提出建立生物质原料的资源保障体系，生物质能相关数据更新信息滞后严重。生物质能项目开发过程中，常出现资源竞争问题，对周边地区的资源状况缺乏充分了解，是导致原料竞争和供给不足的重要原因。
