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（一）会计核算方法及制度不够完善
当前我国为了保障会计核算工作的开展能够有法可依且有章可循，已经颁布了各项法律法规，来对会计核算工作进行规范与约束。但是对于部分建筑施工企业来说，其在开展会计核算工作时，并未能够遵循会计法规要求，而是采取了企业自身的会计核算体系，这也是诸多建筑施工企业发生或存在问题的主要诱因。
对建筑物施工企业来说，其在开展各项工作时，不同的施工环节，会计核算工作的开展存在较大的差异，且均具备一定的自身特色。如若会计核算方法科学性不足，就可能在环节替换过程当中出现漏洞或问题，有可能会影响到企业整体的核算水平与质量。
通过现阶段部分建筑施工企业的账目来看，一些企业为了能够获取更多的经济利益，其可能存在多套账目的状况，并且通过虚增会计信息来开展相关的会计核算工作，这就直接导致企业实际运营状况与会计信息不相符。另外一方面，在建筑施工企业进行会计核算工作时，存在方法选取较为落后的现象。会计核算没有制定一套严谨的规范标准，且企业之中未设置专门的人员对会计核算的工作进行监督审查。
（二）原始数据不完整，影响会计核算工作的开展
在建筑施工企业进行财会数据收集的过程中，如果存在原始数据归集不够完整，且会计核算工作开展不够精细，那么就有可能造成部分的数据产生记录偏差的现象。而建筑施工企业自然也就難以完成有效的会计核算工作。例如在工程项目开展过程中，当期完成工作量之中的材料费的消耗、人工费用的计量、机械费用的结算等。
均需要保持合理清晰、有据可依以及数据完整的原始记录资料。但在部分建筑施工企业中，各施工环节所产生的诸多会计数据，可能在记录或传递的过程中存在遗失、遗漏等现象，由此也就难以为会计核算工作的开展以及后续的成本分析工作夯下坚实的基础。
（三）涉税风险评估流程不合理
在部分建筑施工企业中，其在开展会计核算等日常工作时，并未能够建立与之匹配的涉税风险评估机制。风险评估流程存在诸多不合理之处，对于涉税风险的管理仍旧是以事后管理为主，但是在风险发生之后采取的事后弥补措施往往已经是风险对企业造成了一定的负面影响，事后补救仅能够降低损失，对于风险的处理无法进行事前的科学防范与有效规避。
这也就进一步说明涉税风险评估对建筑施工企业的税务风险管理是极为重要的一环，唯有形成事前评估、事中防范、事后处理或总结的管理流程才能够进一步降低企业整体的涉税风险。但在部分企业中较为落后的涉税风险评估流程并不利于企业自身税务风险的管理工作开展，导致企业实际经营过程中风险频发或对风险处理不当，影响了企业的健康发展。
