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目前在穴盘育苗中应用的施肥方法大致有三种：基质中加肥、苗期喷肥、基质中加肥和苗期追肥结合。尤其是冬春季育苗，基质中适当添加肥料可以解决幼苗缺肥需浇肥水与幼苗不缺水的矛盾，既能促进幼苗生长又能适当减少浇水次数，降低保护地内的空气湿度。
基质育苗肥，优先选择生物有机肥！
而基质育苗肥，优先选择生物有机肥！
为什么要选生物有机肥
化肥
化肥水溶性好，利用率高，肥效快，短期效果明显，但因穴盘孔穴的容积比较小，对化肥添加量的要求较严格，若肥量大盐分升高，会抑制幼苗生长。另外，每次的浇水量如果过大会淋洗掉部分化肥，造成肥力不足，幼苗缺肥。
有机肥
有机肥营养全面，但肥效慢，若腐熟不彻底，会导致病虫害发生。并且环境湿度大时，基质表面容易出现长毛的现象。
生物有机肥
生物有机肥其不同于一般有机肥，田间的应用效果证明：肥料腐熟度高，不含虫卵病菌等有害物，并含有大量有益微生物，能够有效提高肥料利用率，增强根系活力和养分吸收能力，还可以改良土壤。生物有机肥应用于穴盘育苗作基肥，对培育壮苗有利。
另外，含有生物有机肥的穴盘苗定植到田间后，基质中的有益菌群，会在土壤中继续发挥作用，有利于植株的后续生长。并且有益菌群附着在作物根系，能提高作物抗土传病虫害能力。
基质育苗肥，优先选择生物有机肥！
此外，有益菌群在土壤微生态环境中，还有更大的作用，可以抑制土壤有害微生物（大部分土传病害都是由有害真菌引起），形成优势种群，能够长期地保护土壤生态环境和作物。
注意事项
1、若与化肥结合使用，把缓效和速效相结合，在穴盘有限的空间里，提高肥料利用率和幼苗抗病能力，达到培育优质壮苗的目的。
基质育苗肥，优先选择生物有机肥！
2、若与有机肥结合使用，有益微生物和有机质可以互相作用，有益微生物而已加快有机肥的分解，同时有机肥也能提供良好的环境，帮助有益微生物更好地形成优势种群，抑制致病菌。
3、生物有机肥除含有较高的有机质和一定量的养分外，还含有具有特定功能的微生物，所含微生物在低水分含量和低温状态下不活跃或呈休眠状态，必须在营养、温度和水分等条件均具备时，功能菌才开始繁殖发挥作用。
使用时要保持温度尤其是基质温度，25-30℃是生物菌活性比较强的温度范围，可以采用加地热线和扣小拱棚的方法提高冬春育苗阶段的基质温度。另外基质以60%-70%的水分含量为适宜。
如果肥料和基质过干，建议育苗基质加水和生物有机肥混拌后放置一周以后使用，有利于肥料中功能菌活性的恢复。
