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可以肯定的是，普通农民种自家的一亩三分地，使用自留种是不违法的，农民可以大胆放心地使用。但如果是其他情况，那就要慎重，因为一不小心就可能触犯法律，种业公司可以通过法律渠道要求赔偿，为了说清楚农民自留种是否违法的问题，我们先来看两个法院判决的案例。
自认为是农民的秦永宏，通过土地流转的方式，承包了973.2亩土地，种植、销售水稻新品种“南粳9108”，结果被江苏省高科种业公司发现了，种业公司认为秦某的行为，给种业公司造成了伤害，要求秦某停止侵权并且赔偿50万元的经济损失。而秦某认为，自己是农民，通过自繁自用，并没有什么不妥之处，当然是不愿意赔偿，两者闹到法院，南京中院进行了一审，最高院进行了二审，最终法院认定，秦某的行为属于侵权行为，而且明确了秦某属于种粮大户，并不适用农民“自繁自用”的情形，种业公司胜诉了。不过，法院认为很难认定秦某有销售该水稻品种的行为，所以在赔偿金额上并没有完全支持种业公司的。
江苏亲耕田农业公司利用自身渠道，销售“金粳818”水稻新品种，平时在网上与买家交易时，也没有相应的台账记录，金地种业公司发现后，要求对方停止侵权，并且赔偿300万元的经济损失。法院受理此案，最终认定亲耕田农业公司侵权，其出售种子的数量，不符合农民可适当出售剩余常规种子的情形，属于借助他人研究成果，而进行谋取个人利益的情况。同时，调查中发现，亲耕田公司获利金额超过100万元，为了维护种业公司的合法权益，惩戒该公司的侵权行为，进行了双倍处罚，支持了种业公司300万元的赔偿诉求。被处罚的公司当然会不服，提出上诉，不过，终审判决依然是维持原判。
从两个实际案例中，可以看到关于种子侵权的问题有不少，有的人认为自己的行为没有不妥，还有的是明知道有问题，想打擦边球。但最终都会被法院给予公正判决，维护种业公司的合法权益，一方面捍卫了司法的权威性，另一方面也让种业公司可以安心搞种子研究。近年来，关于种子侵权问题的案件明显增多，是否被认定为侵权，有两个关键要素需要搞清楚。
在实际案例中，有不少种粮大户，或者一些农村合作社，打着普通农民的“旗号”，认为这样可以逃避处罚。不过，法院认为普通农民种植水稻、小麦等，首先数量不会很多，比如在南方农村，自家水稻数量基本不会超过10亩。其次，是生产出来的水稻、小麦等，大部分会留着自家食用，只有少数余粮才会出售。而种粮大户、合作社却不一样，这类主体种粮是为了获取利益最大化的，属于一种商业行为，明显超出了普通农民的诉求。特别是一些种粮大户，可能以前一直在农村种地，也一直在农村生活，就认为自己是农民身份，这是没有毛病的，但要是自己留种用在流转的土地上种植，那就属于侵权行为。
根据种子法的规定，农民可以出售剩余常规种子，这里面是有几个前提条件的，一个是农民的身份，是代表着普通的农民，土地是自家承包的，而不是流转过来的，像种粮大户就不属于普通农民，被划定为职业农民。另一个前提条件是出售剩余种子的数量，比如普通农民自留种有100斤，自家用了80斤，还有20斤剩余，用来卖给其他村民，这个是属于允许的范围。但如果自家只需要80斤种子，实际上却卖了2000斤给他人，这就属于不正常范畴，一旦种业公司起诉，大概率会被认定为侵权。
很多种植户使用自留种，无外乎两个因素驱动，一个是为了降低生产成本，毕竟一斤种子要比一斤粮食贵很多，一亩地购买种子的成本开支达到100-200元很正常。另一个因素是想保留自认为不错的品种，特别是一些老品种，实际上不容易买到，如果不进行自留种，那么该品种很可能要消失。那么，农民要怎么操作，自留种才不会被认定为侵权呢？
1、做一个本本分分的普通农民。在农村生活的不一定是农民，但真正的农民一定生活在农村。纯朴、善良是咱农民的特征之一，这种好的优良传统要保持下去，在农村做一个普通农民，守着自家的一亩三分地，适当种植自留种，就不会有什么矛盾，在自家的土地上种植，不会有人盯着，更不会被种业公司起诉。
2、尽量不对新品种进行自留种。可能很多种粮大户觉得，自己先在市场上买新品种，表现不错的话，来年就使用自留种，这样就省了不少种子钱，实际上这是侵权行为。种业公司为了研发新品种，投入成本是很大的，如果法律不保护种业公司的合法权益，那么就没人愿意研发新品种，对行业发展很不利，因此新品种往往产生的纠纷多。为了避免一些“误会”，农民选择自留种时，可以选择常规品种，比如在市场上已经出现5-10年的品种。
3、尽量不要出售自留种。自繁自育的种子，用来出售给他人，很多时候性质就变了，试想下，如果通过出售种子，获利1-2万元，周围的人会不会进行效仿呢？答案是肯定的，效仿的速度会成倍放大，无形中就给种业公司带来损失，个人被要求赔偿也正常。如果农民自留种有少量剩余的，不妨免费分给周边村民，这样自己既做了人情，又避免了经济纠纷，不用担心被索赔。
总而言之，农民使用自留种是否存在违法行为，需要根据实际情况进行判断，并没有一个笼统的答案。当然，如果想利用农民身份来打擦边球，这种自作聪明的方式，很显然是行不通的，会搬石头砸自己的脚。种业公司的利益和农民的诉求，都是法律要保护的对象，不会偏袒某一方，所以，咱农民使用自留种时，也需要遵守法律约定，这样就不会有什么问题，种业公司也没有索赔的依据。
