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1.注意土壤选择和改良，增施有机肥和生物菌肥
过于黏重的土壤，非常容易板结，这种土壤不但透气性很差，而且，透水性也很差。倘若将蔬菜种子播种在这样的土壤中，蔬菜幼苗的根部就会呼吸不良，从而导致幼苗长势很弱，再加上水分很难渗入土壤的地层，会导致水分在蔬菜幼苗的根部停留的时间过长，这就容易导致蔬菜幼苗出现“沤根”的现象。因此，在做苗床选择时，尽量不要选择黏性重的土壤，倘若没有合适的土壤可以选择，可以多施“草粪”（用青草沤制），用以改良土壤。根据经验，在这种土壤中掺入三分之一的草粪，就能够使土壤的通透性提高一倍，就不容易导致蔬菜幼苗烂根了。
另外，如条件允许，在施用底肥时，可加入一些微生物菌肥，如金宝贝菌肥等，因为生物菌肥有非常好的固氮作用，可以提高肥效，从而为培育壮苗打下基础。只要苗子强壮了，也就不容易烂根了。
2.注意加强保温、增温措施
利用温室大棚育苗，往往是在寒冷的季节进行，而低温环境则很容易导致蔬菜幼苗烂根。因此，在利用温室大棚育苗时，一定要加强保温、增温措施，用以防止苗床温度过低。倘若寒潮来临，在晚上时可通过覆盖草帘等保温措施用来防寒，如果温度实在太低，也可利用火炉进行加温，总之，对于瓜类作物来说，育苗温度不宜低于12℃，而对于茄果类蔬菜来说，育苗温度不宜低于10℃。另外，在定植前10天左右开始炼苗，从而使幼苗逐渐适应定植地块的气候环境。
3.注意掌握好浇水量
蔬菜幼苗虽然喜水，但是，水分过大容易阻碍导致土壤的通透性变差，从而导致蔬菜幼苗的根系呼吸不畅，在根系呼吸不畅的情况下，幼苗的长势就会受到影响，从而导致幼苗的抗病害能力变差。在这种情况下，蔬菜幼苗就容易烂根。为了避免这一现象的出现，应该注意掌握好浇水量，不能使土壤中的水分过大。
4.注意适当通风
在大棚育苗时，当蔬菜苗的子叶展开后，应选择晴暖天气揭开覆盖物进行通风，用以降低大棚内的湿度，或者也可以向苗床内均匀撒施一层细干土，用以吸收地面上的水分。依据经验，均匀撒施细干土的方法不但能够降低苗床湿度，而且还具有一定的增温作用。
5.注意施肥方法
配制营养土很重要。在配制营养土时，不能加入过量的氮肥或腐熟不充分的有机肥，否则蔬菜幼苗容易发生落叶和烂根。对幼苗根外追肥时，要充分掌握好配制浓度，并在晴天早上通风1～2天后再进行根外追肥。而且，在追肥后应及时对大棚通风排湿。
6.注意施用生根剂
可利用功能微生物来改善秧苗根系的微生态环境，如施用金宝贝根苗壮，可促使蔬菜种子早发芽和提高地温，能够达到培育壮苗的目的。
